以弗所會議
亞歷山大第二次主要的勝利，發生在位於以弗所的第三次大公會議（431年），當時提阿非羅的表弟繼承者聖濟利祿（St Cyril, 死於444年）推翻了君士坦丁堡的主教涅斯多留（Nestorius），但這劍拔弩張的關係還不僅止於兩個主教區之間，還包括381年 沉寂至今的教義問題，尤其是基督的位格。聖濟利祿和涅斯多留兩人皆同意基督是完全的神，是三位一體的神其中之一，但兩人因神學背景不同，對基督的人性和其 神人合一的解釋亦有歧異。涅斯多留出自於安提阿學派，主張基督有完全的人性，但他因其基督的神性和人性強烈區分，造成兩個位格、一個主體的危險，有別於傳 統的一個位格論。聖濟利祿則是其對手亞歷山大學派的支持者，他從基督單一的位格、而非神人兩性作為出發點，也不似安提阿學派如此強調基督的人性。兩種立場 若過於極端，都可能成為異端；教會需要的是取其平衡，以獲得完整的基督形象。不幸的是，兩方最後還是為此爆發激烈的衝突。
涅斯多留最後拒稱聖母馬利亞為「上帝之母」，認為這混搖 了基督的神性和人性，使爭議益發加劇。他採用安提阿學派的論調，認為馬利亞僅能被稱為「人子之母」或「基督之母」，因為只有人性位格的耶穌才是她所生，不 包括神性的那部分。聖濟利祿則在以弗所會議的支持下，以經文「道成了肉身」（約一14） 回應說：馬利亞為上帝之母，因為她生出道成肉生的上帝；她所生的不單是被賦予神性的人，而是同時擁有神性和人性、不可分割的一個主體。「上帝之母」一詞確 保了基督二合一的位格，否定此稱號，就是將道成肉身的基督一分為二，也破壞了神和人中間的那道合一的牆。由此可見，以弗所會議涉及的不僅是稱號而已，更重 要的是救恩的內容。「同質」一詞在三位一體的教義中，就如同「上帝之母」在道成肉身的教義裡一樣關鍵。
之後亞歷山大又在449年於以弗所舉行的會議贏得勝利，但多數信徒皆認為，這次的決議過於極端。聖濟利祿的繼承人狄奧斯科魯斯（Dioscorus）主教堅持基督只有一性：救主雖然原具有神、人兩性，但因降世為人而剩下「道成肉身的神性」，這也就是知名的「基督一性論」。雖然聖濟利祿做過類似陳述，但狄奧斯科魯斯故意忽略他於433年所針對安提阿派所為的平衡論點。對許多人而言，狄奧斯科魯斯否決了基督完全的人性，雖然這些人的看法也不完全正確。
