巴爾幹半島的獨立教會 | 希臘教會 | 塞爾維亞教會 | 羅馬尼亞教會
保加利亞教會 | 帝俄時期的教會發展
巴爾幹半島的獨立教會
法國大革命與民族運動的思想、以及對從前基督教帝國鮮明的記憶，逐漸帶來巴爾幹半島上土耳其帝國的分裂。自中世紀晚期，許多國家皆隨著獨立正教會的建立而獨立。隨著卾圖曼帝國的垮台，君士坦丁堡宗主教的權力也快速瓦解。矛盾的是，對希臘人而言，宗主教代表的就是未來的盼望，然而希臘卻也是最早成立獨立教會的國家。
希臘教會
1821年，希臘老帕特累（Old Patras, Germanos）的大主教正式對土耳其宣戰，土耳其政府下的主教區對此發出譴責聲明，將這些革命份子逐出教門；然而這份聲明卻無法阻止任何革命行動，土耳其政府甚至於1821年的復活節將君士坦丁堡宗主教國瑞五世（Gregory V）於教區大門外公開吊死，大批的希臘神職人員亦於各省區內遭到處決。在這次慘案後，官方教區的忠誠度無疑地更加確保；而自由的希臘主教一方面無法再和官方對話，一方面不承認其逐出教會的命令，於是在1833年於那瓦皮里昂（Návplion）舉行一次獨立教會的教內會議。希臘仿效俄國的制度，設立「神聖宗教會議」，在政府嚴密的控制下掌管教會。1850年，官方教區被迫承認並允許獨立教會，成為希臘正統教會。
塞爾維亞教會
1832年塞爾維亞的獨立連帶也讓塞爾維亞教會得以自治。1879年，塞爾維亞教會獲得君士坦丁堡承認為貝爾格勒主教轄區的第一個獨立教會，然而塞爾維亞教會所涵蓋的教區範圍只在所謂的「舊塞爾維亞」，即蒙特尼哥羅（Montenegro）一州，這個地區一直以來都獨立於土耳其的統治之外，並在采帝涅（Cetinje）有自己大主教區。其中主教同時為全國的政軍領袖, 授命於奧地利或聖彼得堡之下。
19世紀下半葉，奧匈帝國有兩間獨立教會負責管轄塞爾維亞、羅馬尼亞、及其他斯拉夫民族，分別是建立於1848年、管理奧匈帝國下所有東正教會的斯雷姆斯基卡爾洛夫奇（Sremski-Karlovci）教區，以及布科維納（Bukovina）的切爾諾維茲（Czernowitz）教區。後者的管轄權於1873年之後，更涵蓋了兩個塞爾維亞位於達爾瑪提雅的教區（札拉爾與科特爾）。塞爾維亞於波士尼亞和黑塞哥維那的教區在1878年由奧地利接管後，雖仍享有自治權，卻從未完全獨立於君士坦丁堡牧首區之外。
