16世 紀以後，俄國沙皇開始自認為拜占庭皇帝的繼承者，以及巴爾幹半島及中東地區東正教的政治保壘及經濟後盾，但莫斯科宗主教卻從未有意爭奪宗主教的首位。在莫 斯科帝國內，許多中世紀拜占庭的傳統被忠實地保留下來，同時間隱修制度帶動了靜修運動，甚至遠傳至俄羅斯北部森林地區；其中，神父將福音遍傳所到之處，並 且使當地成為俄羅斯的殖民地。聖塞吉阿斯（St. Sergius of Radonezh, 1314-92）可說是這波隱修制度復興的屬靈鼻祖；同時期的聖史蒂芬（St. Stephen of Perm）是基連族（Zyryan）地區的宣教士，他延續第9世紀號稱「斯拉夫民族的使徒」的聖濟利祿和聖默多狄（St. Methodius）的事工，將聖經和敬拜儀式翻譯成當地方言。後來許多宣教士也紛紛跟進，他們將東正教傳到整個亞洲，甚至足跡遠遍阿拉斯加外的柯達克島（1794）。俄羅斯教會的建築結構、聖像繪圖技術、和文學造詣，使得「第三羅馬」的名聲更加響亮。
莫斯科帝國和拜占庭帝國無論在政治體系或 文化認知上，都有天壤之別；拜占庭皇帝和宗主教之間和平共存的關係，在莫斯科帝國內是不存在的。莫斯科皇室的企圖心和世俗的目標，總是勝過宗教和教會規 範，不像中世紀的拜占庭皇帝遵守教規行事；其政治理念也未受到羅馬或拜占庭法治的薰陶，而是受到西歐世俗主義及亞洲專制制度的影響。雖然君士坦丁堡的宗主 教多能針對沙皇破壞基督教義或教規的行為加以聲討，但其俄羅斯的接班人卻是莫可奈何。唯一勇於譴責伊凡四世的莫斯科大主教聖菲力（St. Philip, 1566-68年在位），最後也遭到罷免、暗殺。
17世紀中葉，「第三羅馬」的意識形態面臨空前的危機。強悍的宗主教尼康（Nikon, 1652-58年在位）決定重振教會的聲望和聲勢，於是公開宣告宗主教團的權柄高過沙皇，他強迫沙皇亞阿力克賽•羅曼諾夫（Alexis Romanov） 為依凡四世暗殺聖菲力的罪行懺悔，並公開宣示順服教會的領導。同時尼康並針對俄羅斯教會長期以來有問題的儀式書籍一併解決；這些書籍原是從希臘文翻譯而 成，經過幾百年腐敗的教會生態後，內容錯誤百出。再加上俄羅斯和中東地區不同的歷史發展，導致俄羅斯和希臘在敬拜儀式上自然不同。尼康卻要求俄羅斯從此完 全遵照希臘的典章規範進行，其改革引起非常大的反彈。這時俄羅斯的基督徒已根深蒂固地認為他們是正統東正教的最後傳人，憑什麼要接受反叛羅馬教廷、因受到 上帝懲罰而淪為回教徒奴隸的希臘教會。尼康的改革最後受到數百萬基層神職人員及教徒的反對，造成所謂「舊禮儀派」的分裂。尼康最後遭到沙皇的罷黜，但他在 儀式上的改革，卻在兩位東方宗主教見證的教會高峰會議中正式定案（1666-67）。
