羅馬尼亞在經過數世紀外來政權－如保加利亞、土耳其、希臘法納爾、及近期的俄國－統治後，在1865年由羅馬尼亞教會宣布獨立自治。和希臘相同的是，新教會皆受到西歐庫札（Alexandru Cuza）專制政權的嚴格控制，最後同樣也在1885年獲得君士坦丁堡承認為布加勒斯特教區下的羅馬尼亞獨立教會。奧匈帝國特蘭西斐尼亞（Transylvania）的羅馬尼亞教會，則仍在西比悠的獨立教區或切爾諾維茲教會管轄之下。 保加利亞教會
保加利亞獨立教會的重建，發生在鄂圖曼土耳其帝國統治時期，當時希臘人和保加利亞人皆一起住在馬其頓、色雷斯、以及君士坦丁堡，因而不可避面地經過一些迫害與分裂。在土耳其征服之後，特別是在17、18世紀，保加利亞人受到希臘主教的統轄，被禁止用斯拉夫語敬拜神。這項強制禁令在19世紀遭到反抗，保加利亞人開始要求擁有本國的神職人員，及在教會高等組織（如主教辦公室）中享有同等的地位；當然，這樣的要求也遭到希臘嚴厲地反對。唯一的例外，是1870年土耳其政府許可成立的保加利亞國家教會，這所教會是由住在君士坦丁堡的保加利亞主教所管理，承認其地位的保加利亞人皆受其統轄。然而此新局面其實是不被認可的，因為這等於承認同一個地區兩個不同的教會體系。大公宗主教安提姆斯六世(Anthimus VI)於是在1872年於君士坦丁堡召開一次教務會議，與會者包括了亞歷山大與耶路撒冷的希臘主教。這次會議的參與者指責教會機構常有的所謂「種族主義」，並且將一些犯罪的保加利亞人逐出教門。這次的分裂一直持續到1945年，保加利亞被完全承認擁有自治權為止。
在脫離土耳其統治之後，巴爾幹半島的教會無論在種族認同或信仰生活上都有了顯著的發展。幾所德國式的神學院也在雅典、貝爾格勒（南斯拉夫）、索非亞（保加利亞）、布加勒斯特（羅馬尼亞）等地成立。羅馬尼亞境內的教會皆推行完整的崇拜儀式，但這樣的理想卻常因民族競爭而遭到破壞。1872年的君士坦丁堡會議在譴責種族主義時，事實上也等於為當代東正教會點出了最根本的問題。
