與西方的關係
拜占庭帝國和西方拉丁民族的關係越來越含糊不清。一方面，拜占庭帝國將整個西方世界視為「大羅馬」的一部份，臣服於拜占庭元首，羅馬大主教享有宗教界的最高權力；另一方面，法蘭克和日耳曼人的君王卻不時挑戰這個有名無實的架構，再加上羅馬教廷權力式微，許多位高權重的主教根本不想浪費心思向中央取寵。自宗主教佛西約（Photius, 858-867, 877-886年在位）以來，拜占庭帝國已多次公開譴責「和子說」（將聖靈貶低侷限於神聖界內在領域，變成父和子之間的連結），因為這顯然違背了尼西亞信經，直到879到880年間，佛西約以及教皇若望八世才將這件事圓滿解決。然而到了1014年，和子說在羅馬捲土重來，使得教派間再次出現嫌隙。西元1054年的衝突一直被錯認為是教會分裂的開始，事實上當時教會分裂醞釀已久，而衝突起因基於紛爭調停的失敗，包括拜占庭和德國在義大利的政治鬥爭，以及法國克呂尼一帶的僧侶所推動的改革運動，特別著重神職人員的獨身概念。拜占庭皇帝莫諾馬庫斯（Monomachus, 1042-55年在位）的安撫完全沒有效用，既不能弭平當時掌管羅馬教廷的法蘭克神職人員無禮的挑釁，也無法說服拜占庭宗主教色路拉里烏斯（Michael Cerularius, 1043-58）軟化態度。因此當羅馬教皇的使節於西元1054年來到君士坦丁堡時，發現他們和主教沒什麼好談的，唯一能做的就是控訴對方在教條及儀式上的過錯，然後演變成叫罵詛咒，最終激起所謂的「教會分立」。
十字軍東征
西元1071年，在小亞細亞以東的曼奇克托會戰之後，拜占庭失去安那托利亞大部份的土地，從此不再是世界第一強權。基於拜占庭的懇求，西方國家組成十字軍預備東征，沒想到對拜占庭而言竟是另一場浩劫的開始；一來拜占庭的領土成了拉丁國家的封邑，連主教也被新的統治者強行撤換。最難受的，莫過於西元1204年君士坦丁堡所遭受的羞辱，拉丁國家的君王竟然在博斯普魯斯舉行登基大典，並且以拉丁籍的主教強行進駐聖蘇菲亞大教堂。同時，巴爾幹的國家保加利亞和塞爾維亞在西方國家的援助下脫離拜占庭的掌控；成吉思汗在西元1240年劫掠基輔，將俄國納入蒙古帝國的版圖。
拜占庭的傳統在這一連串的浩劫中得以倖存下來，主要因為東正教教會適時展現驚人的內在力量以及卓越的行政彈性。
在十字軍帶來浩劫之前，儘管發生過西元1054年 的宗教衝突，拜占庭的基督徒從不認為和西方的決裂會走向「教會分立」。普遍認為與西方的交流中斷，只是因為神聖的羅馬教區被那些未開化的日耳曼蠻族暫時接 管，最後從前一統的基督教世界會再度興起，並且回歸唯一合法的（指的當然是君士坦丁堡的）君王以及五位宗主教的統治。可惜十字軍以武力奪取安提阿和耶路撒 冷等古老城市（1098-99年），以拉丁籍的高級教士取代希臘籍的宗主教，烏托邦式的理想終告破滅。未能重整基督教世界的團結統一，十字軍反倒清楚表明拉丁民族和希臘民族間巨大的鴻溝。經歷西元1204年卑鄙的劫掠，威尼斯的湯瑪斯莫羅西尼（Thomas Morosini）被教皇英諾森三世（Innocent III）任命為君士坦丁堡的宗主教，希臘人才體會到教皇對全基督教會實質權力的嚴重性。神學上的歧異和國際仇恨，將東正教與西方教會的聯繫硬生生的撕毀。
在城市被佔領後，宗主教約翰•克馬特（John Camaterus）逃亡到保加利亞，並於1206年死於異地。繼任者邁克•奧圖里安（Michael Autorianus）在1208年的尼西亞選舉中脫穎而出，獲得希臘的全力支持。雖然處在被放逐的狀態，其宗主教的地位在整個東正教世界依然被認可。從邁克•奧圖里安（而非同轄區內的拉丁籍競爭者）開始，保加利亞的教會藉由1235年特諾瓦教區的回復，重新獲得教會獨立權。此外塞爾維亞和拜占庭當局亦在尼西亞協商建立屬於自己的國家教會，其精神領袖聖沙維（St. Sava）在1219年被正式任命為塞爾維亞的樞機主教。
蒙古入侵
蒙古入侵對俄國未來的文明發展帶來災難性的影響， 然而教會卻倖存下來，一方面因為教會是唯一有組織的社會團體，同時也因為教會承襲拜占庭的固有遺產。由尼西亞或君士坦丁堡任命的「基輔暨全俄羅斯大主教」 握有政治實權，並受到蒙古大汗的尊重，享受前所未見的道德聲望，包括賦稅豁免權，而不需像其他當地親王按時向蒙古納稅，只對直屬上級（俄國教會的領袖）負 責，儘管因為基輔總教堂已被蒙古大軍蹂躪殆盡，而必須放棄當地教區。大主教的管轄範圍遍及廣大疆域上的所有教會，包括自喀爾巴阡山脈到窩瓦河流域、在蒙古 首都薩來新設立的主教轄區（靠近裏海）、以及前基輔公國的封邑。儘管後者之後落入波蘭跟立陶宛的統治，教會的尊榮不曾改變。
