修道院的隱修制度在拜占庭的信仰生活有著關鍵性的 角色，同樣也影響其他正教國家。有人說道：「想要深入正教信仰的靈性層面，首先要從隱修制度著手。」「正教信仰有許多靈性部分值得去發掘，而隱修制度是其 中最經典的。」修道院的生活最早始於第四世紀埃及和敘利亞一帶，從那迅速擴展到整個基督教世界。隨著君士坦丁大帝皈依基督教，停止宗教迫 害、以及基督信仰成為宗教主流，隱修制度的順利發展顯然不是巧合。修道士的苦行生活可以看作是早先殉道者為信仰撒下鮮血的替代；他們的作為導正當時基督徒 所遺忘的重要觀念：拜占庭只是個象徵而不是實體，神的國度並不在地上。僧侶離開社會進入曠野，實現了他們在教會預言和末世宣教的任務；他們要提醒世人，神 的國並不在這個世上。 隱修制度有三種，都始於西元350年的埃及，並且到現在都還能在東正教會中看見。第一種是遁世者，居住在簡陋小屋或洞穴，或在墳場中、樹枝間、柱頂上，獨自過著隱士的禁慾生活，最佳的典範是隱修制度之父，埃及的聖安東尼（St Antony of Egypt, 25l-356）。第二種方式是僧侶的群居生活，住在修道院中遵守共同的戒律，著名的先驅有埃及的聖巴格米（St Pachomius of Egypt, 286-346），他訂立的隱修教條後來被西方的聖本篤引用。聖大巴西流主教聖師是群居修行強而有力的提倡者，他關於禁慾的著作對東方的隱修制度有相當大的影響，雖然他受到敘利亞一帶的啟發遠多於他所修行的巴可敏修道院。 他強調和社會的互動，力主修道院應該更關心貧窮和生病的人，維持醫院和孤兒院的運作，盡最大所能造福社會。但是相較之下東方的隱修制度對社會的實際行動遠 不如西方所做的：他們選擇透過禱告來祝福，認為僧侶實際上做了什麼並不如他的本質來得重要。第三種是介於兩者之間的「半隱士型態」，不同於前者單一的群體 生活，取而代之的分為許多關係更密切的小單位，每單位約有二到六人，聽從單位內長者的教導。埃及半隱士型態的中心在尼崔雅（Nitria）和塞提斯（Scetis），於第四世紀末期出了許多著名的修士，包括尼崔雅的創始人安門（Ammon）、埃及和亞歷山大的兩位馬卡里烏斯（Macarius）、龐特斯的艾樺革士（Evagrius of Pontus）以及大阿爾塞尼（Arsenius the Great）。不只在東方，就連遙遠西方的凱爾特基督教也存在半隱士的修行。從隱修制度開始至今，無論是東方或西方，為了完成神召的使命，拜占庭世界也出現了許多修女的群落。
身為隱修制度的發源地，埃及被視為第二塊神聖淨土。來到耶路撒冷的信徒認為，除非能一訪尼羅河畔的苦行居所，否則他們的朝聖之旅無法圓滿。到第五及第六世紀隱修運動的領導地位轉移到巴勒斯坦的聖尤錫米烏斯（St Euthymius the Great, 死於473年）和他的門徒聖撒巴（St Sabas, 死於532年）。聖撒巴在約旦河流域一帶創立的修道院仍存在至今，這也是大馬士革的聖約翰所屬的支派。另一所擁有長遠歷史的，是西奈山的加大利修道院，由查士丁尼大帝所建立（在位期間527-565年）。由於巴勒斯坦和西奈山一度落入阿拉伯人的手中，修道士的卓越成就在第九世紀又回到君士坦丁堡的修道院，西元799年成為修道院院長的聖狄鐸重振了修道士的團體並且修改規章，吸引了更多僧侶前來。
第十世紀以來，東正教隱修制度的重地轉移到亞撒斯山（Mt. Athos），它位於希臘北部愛琴海上一個多岩石的半島，島上最高峰有6,670英呎高，又稱「聖山」。亞撒斯山有約二十多所有紀律的修道院，為數眾多的苦行所以及遁世者的小室。隱士們就定居在這些岩地上，全盛期甚至高達四千多名僧侶，其中歷史最悠久的大勞拉（Great Lavra）修道院出過26名教長和144名主教。這也證明亞撒斯山在東正教歷史的重要性。
在東正教的隱修制度中並無所謂的「教團」。在西方，僧侶可能屬於加爾都西會（Carthusian）、熙篤會（Cistercian）或其他的教團組織；但在東方，僧侶不過是一個大團契下的成員，附屬在某個修道院中。西方作家有時提到東正教的僧侶會以「巴西流修道會修士」或「巴西流教團僧侶」稱之，但這是不正確的。聖巴西流是東正教修道院制度中的重要人物，但他並未建立任何教團，雖然他的成就包含訂立隱修規則，但這和聖本篤的教團規章完全是不同的意函。
東正教隱修制度中有個獨特 的人物叫做「長者」或「老者」，指的是有敏銳屬靈智慧的僧侶，其他的僧侶乃至世人都會向他們請益指引方向。有時他們會身兼祭司的職責，但通常只是普通的僧 侶，並不會有特別名號上的任命，而是被聖靈直接引導。這些長者也可以是女性，因此在正教信仰中有「教父」、「教母」的存在。當人們向他們求助時，他們能代 為從神領受明確的旨意，這是一項神所賜予的特別恩賜。最著名的是聖安東尼，在他生命的前半段–約從十八到五十五歲間，他選擇離群索居的修行步調；後來，他 不再封閉自己，開始接待訪客。在他身旁圍繞著一群門徒，門徒之外又遍佈數不盡的民眾，許多是從遠方來的，向他尋求指引；人潮的川流不息就像其傳記作者亞大拿西所記載的「他宛如是全埃及地的醫生」。聖安東尼之後有許多後繼者，大多數就像聖安東尼一樣，在曠野中開始修行，以備未來重返社會。而在曠野的目的為要在寂靜中找尋真實的自我、聆聽上帝的話語，當具備長者所需要的恩賜之後，才能離開小室，回到原來的世界。
隨著數個世紀的演變改進，隱修運動在首都以及其他重要都市持續興盛。位在君士坦丁堡的Studion修道院擁有超過一千名的僧侶，專心致力於敬拜禱告、順服和節慾苦行的生活。他們相當反對政府以及教會的官僚氣息，捍衛正統教條不對強權低頭，其教條（隱修生活守則）受到後世修道院廣為採用，特別是位於俄國基輔著名的洞穴修道院。西元963年，皇帝尼斯福魯斯二世（Nicephorus II Phocas）向聖亞大拿西提供保護，後者的大修道院迄今佇立在阿索斯山。新神學家聖西蒙（St. Symeon, 949-1022），同時也是君士坦丁堡聖瑪門斯修道院院長，其諸多著作是東方基督教神秘主義的最佳典範，對於後世東正教屬靈發展有莫大影響。
就歷史角度而言，最重要的事件要屬拜占庭帝國將宣教的版圖擴展到整個東歐。在第九世紀，保加利亞以東正教作為國教，沙皇西蒙（893-927）在普斯拉夫（Preslav）設立行政獨立的教區；之後沙皇撒拇耳（976-1014）又在歐克瑞（Ohrid）設置另一個獨立教區。至此，斯拉夫語系的拜占庭教會主掌了巴爾幹半島。東正教裡難得一見的政教分離雖在拜占庭帝國君王巴西爾二世（Basil II, 976-1025）的征服下宣告結束，但東正教信仰的種子卻已悄悄播撒在斯拉夫民族中。西元988年，基輔王子伏拉地米爾接受東正教的信仰，並且迎娶巴西爾的妹妹。從此之後，俄國就成了拜占庭教會下的轄區，多數由君士坦丁堡指派的希臘大主教、或者偶爾由俄籍的大主教管轄。這種方式直到西元1448年都未受到挑戰，這段時期俄國透過保加利亞翻譯的幫助，承接許多拜占庭文明在靈性、藝術以及社會上的特質。（參見以下「教會與世界–宣教：古典與現代」）
