教會合一的努力
西元1261年尼西亞皇帝邁克•帕里奧洛格（Michael Palaeologus）從拉丁人手中奪回君士坦丁堡，東正教的宗主教再次佔有聖索非雅大教堂的教區。從1261年到1453年，拜占庭帕里奧洛格王朝所統治的帝國多次四圍環敵，又因內戰導致分裂，領土慢慢縮小到只剩下王城一地。而教會則保住絕大多數的教區，將管轄權推展到帝國範圍之外，包括俄國及遙遠的高加索山、巴爾幹的一部份，還有被土耳其佔領的大部分區域。許多後期的宗主教，例如亞瑟尼斯•奧圖安（Arsenius Autorianus, 1255-59, 1261-65年在位）、亞大拿西一世（Athanasius I, 1289-93, 1303-10年在位）、約翰•克拉克（John Calecas, 1334-47年在位），以及費留克西斯（Philotheus Coccinus, 1353-54, 1364-76年在位），都已不理會皇室權威，但心中仍然忠於拜占庭。
因為缺乏軍事力量作為後盾，君士坦丁堡教區的統治難以有效到達早在拉丁人統治時就已獨立自主的保加利亞和塞爾維亞教會。到了1346年，塞爾維亞的教會甚至公然宣告自己為獨立的教區；歷經短暫的抗議無效，君士坦丁堡只好在1375年接受此一事實。在俄國，拜占庭的教會間陷入嚴重的內鬥，起因於莫斯科和立陶宛的大公爭相帶領俄羅斯掙脫蒙古的枷鎖。當時的「基輔暨全俄羅斯大主教」早已駐守在莫斯科，並在政府事務中扮演重要角色，包括大主教亞阿力克賽（Alexis, 1354-78），他因著教會的支持，才使莫斯科在競爭中得到最後勝利；這些教會的力量對於之後俄國的歷史也有顯著的影響。同時西方的公國（亦即日後的烏克蘭）雖有所不滿，但即使在波蘭和立陶宛的強力支持下，只有加利西亞跟巴羅西亞兩地曾有短期的主教駐守。最後在十四世紀後期，莫斯科的大主教決定將所有教會力量集中於俄羅斯。
與西方教會的關係
拜占庭北部地區教權不張的一項主要因素，是和西方教會的關係出了問題。對大多數神職人員而言，年輕的莫斯科大公國提供比東西方交界處國家更安全的屏障，因為這些國家屈服於信奉天主教的波蘭和立陶宛。此外，拜占庭重要的政黨本身也傾向和西方聯合，寄望能再次組成十字軍對抗可怕的土耳其人。事實上，教會合一不斷是帕里奧洛格王朝相當頭疼的問題。
皇帝邁克•帕里奧洛格（1259-82）當時面對諾曼地王查爾斯企圖在君士坦丁堡重建拉丁帝國的蓬勃野心；為了獲得羅馬教皇的實質援助以對抗查爾斯的威脅，邁可向羅馬教皇貴格利十世（Pope Gregory X）傳達一份關於拉丁信仰的聲明，其使者並在里昂會議（1274）接受了和西方聯合的提案。這項由皇帝所主導對西方教會有條件的妥協，並未贏得教會的支持。在他生前，邁可成功地讓東方天主教的約翰貝克斯（John Beccus）主教進入君士坦丁堡的教會。但他死後，則受到東正教會強烈的譴責（1285）。
十四世紀期間，另有多位拜占庭的皇帝參予推動教會的合一，並在西元1333、1339、1347以及1355年舉行多場正式會議。到西元1369年，皇帝約翰五世•帕里奧洛格（John V Palaeologus）改信羅馬天主教。這些來自政府（而非教會）的努力，都是基於一個顯而易見的政治理由–期望西方國家共同對抗土耳其帝國，可惜這些努力在宗教或政治層面都未帶來任何助益。大多數拜占庭的東正教神職人員並不反對和西方教會合併，但會議的前提是東西方教會能站在相同的立足點協商討論，如同教會在早期所採用的方式，其中約翰•肯塔庫澤納斯（John Cantacuzenus）的對協商會議的推動最為堅持。約翰於西元1347到1354年間曾以皇帝身分短暫統治君士坦丁堡，他之後轉任修士，繼續對教會及政治帶來莫大的影響。「基督教支派聯合會議」的概念初期並不得教皇青睞，但十五世紀時又以「大公會議」的模式（主張會議擁有大部分的權力，教皇只能從旁協助支援）在西方的康士坦丁和貝索取得短暫勝利。由於教皇尤金四世（Pope Eugenius IV）對希臘選擇各基督教派為聯合對象而不是羅馬感到不悅，因此也在費瑞拉召開教派聯合會議，爾後轉移至佛羅倫斯召開。
費瑞拉–佛羅倫斯會議（1438-45）每次持續數月之久，當中常有冗長的神學辯論。皇帝約翰八世•帕里奧洛格（John VIII Palaeologus）、宗主教約瑟（Joseph）以及許多主教和神學家代表東方教會出席會議，他們最後終於接受大部分羅馬教會的立場和觀點，包括和子說、煉獄（介於死亡和天堂的靈魂淨化階段）和羅馬最高權力的地位。政治上的絕望和對土耳其人的恐懼，是促成他們簽署批准「聯合協定」的決定性因素（1439年7月6日），只有以弗所的大主教馬可尤金（Mark Eugenicus）拒絕簽署。在他們回到君士坦丁堡後，多數其他代表接連宣告會議中的同意聲明無效，教會間的關係因此依舊無任何重大改變。
教會正式的合併聲明延遲到1452年12月12日才在聖索非雅大教堂公開發表；然而1453年5月29日君士坦丁堡隨即落入鄂圖曼土耳其手中。其領袖蘇丹•穆罕默德二世（Sultan Mehmed II）把聖索非雅大教堂改建成回教的清真寺，許多依然對教會合併抱持希望的擁護者因此逃亡到義大利。
