第一次世界大戰造成了土耳其、奧地利及蘇俄帝國的傾覆，也使得正教會結構上產生了巨大的變化。原本屬於蘇聯國土的西界，如今發展為芬蘭、愛沙尼亞、拉脫維亞和立陶宛等新興獨立的國家，正教會的少數族群在此建立了自己的獨立教會。前三個國家在君士坦丁堡的轄區之下，而立陶宛在名義上則仍屬莫斯科管轄。當時大公宗主教在吉洪主教的反對下，在有數百萬的白俄羅斯人和烏克蘭人的波蘭，建立了獨立自治教會（1924）。二次世界大戰後，愛沙尼亞、拉脫維亞、及立陶宛的教會自主權再次受到打壓，波蘭的正教會首度被併入莫斯科的轄區，之後則又再度宣布獨立（1948）。
巴爾幹半島發生的變化則更為巨大。五個位於塞爾維亞的教區（蒙特尼哥羅、卡爾洛夫奇、達爾馬提亞、波士尼亞赫賽哥維那、舊塞爾維亞）在一位塞爾維亞主教的帶領下，在新南斯拉夫的首都貝爾格勒合併為一（1920-22）。同樣地，羅馬尼亞的摩拉維亞－瓦拉幾亞、特蘭西斐尼亞、布科維納和比薩拉比亞等教區亦合為一個新教區（1925），成為巴爾幹半島最大的獨立教會。最後在一些緊張與暫時的分裂之後，君士坦丁堡的宗主教於1937年終於承認阿爾巴尼亞的教會自治。
二次大戰後，共黨在巴爾幹半島的國家建立政權，然而他們並未企圖像1920及30年代俄國的宗教迫害一般清算教會。南斯拉夫和保加利亞的教會和國家在法律上是分開的；在羅馬尼亞，正教會卻保持與共黨政府的連結；塞爾維亞教會因為對德國人始終保持強硬的反抗態度，使其能夠保有比保加利亞和羅馬尼亞教會更多的自主性。然而一般而言，巴爾幹半島的這些教會和莫斯科教會一樣皆有對新政權效忠的態度；如此一來，他們方能保有幾間神學院、一些出版品、以及自由敬拜的機會。捷克東正教的遭遇亦頗雷同，並於1951年由莫斯科主教區聯合組織成為一所獨立教會。唯一的例外是阿爾巴尼亞，共黨政府在1966到1968的文化大革命之後，宣佈徹底清算宗教組織。
在所有東正教國家中，希臘正教會是唯一自19世紀起保有合法國家教會身分的；也就是說，20世紀後的希臘政府也同樣支持正教會。此外，教會也發展出一個成功的國內宣教團體–佐伊兄弟會（「生命」），其組織乃是參考西方教會團體的模式，在興建教會學校上成果豐碩。
東歐的共黨政權在1980年代後期及1990年代初期陸續垮台，國家對教會的控制有效解除，使得當地得以擁有嶄新的政治與宗教自由。
