身為第三代沙皇亞阿力克賽一世之子，彼得大帝（Peter the Great）吸取歐洲新教國家的經驗，為俄國重建了新的秩序，徹底改變各項因循自拜占庭以來的傳統。有鑑於父親曾經因為宗主教尼康的宗教改革運動而短暫蒙羞，彼得大帝藉由俄羅斯宗主教亞德里安（Adrian）1700年去世的機會，停止宗主教的選舉。在歷經宗主教職缺長時間的空窗期後，他並於1721年正式廢除主教制度，以「神聖宗教會議」取而代之；至此，原來教會的中央行政單位就成了國家組織的一環。由沙皇特派的行政官員（「高級教會庶務員」）得出席所有會議，甚至監督管理教會事務。此外，彼得大帝也頒布瑣碎的宗教規章，作為俄國境內所有宗教活動的運作細則。當時教會內部由於守舊派勢力的分裂，無法推舉有力的發言人捍衛自身權利，只有走向被動接受一途。在彼得大帝的革新下，俄國教會邁向歷史的新紀元，直到1917年，其帶來的結果並非都是負面的。例如，彼得大帝的教會顧問群皆是畢業於基輔學院的烏克蘭高級主教，他們為俄國引進西方的神學教育，其中最著名的是彼得大帝的好友–普斯科夫市的樞機主教費歐凡．普克波維奇（Feofan Prokopovich）。整個18世紀，俄國教會持續在亞洲進行宣教工作，也興起許多宗教作家及聖徒，包括佛羅尼斯的聖米喬芬（St. Mitrofan of Voronezh, 死於1703年）、列東斯克的聖提康（St. Tikhon of Zadonsk, 死於1783年）–一位德國路德宗喬安．阿恩特（Johann Arndt）和德國敬虔主義的仰慕者–，以及其他傑出的高級主教和學者如莫斯科的大主教柏拉圖．李夫辛（Platon Levshin, 死於1803年）。所有挑戰沙皇對教會影響力的嘗試，最後總以失敗告終，其中羅斯托夫的大主教亞斯尼．麥特耶維奇即因為反對凱薩琳女皇所主張的教會屬性世俗化，遭到罷黜且死在獄中（1772年）。當時的俄國瀰漫著一股世俗化的官僚氣息，對於隱修主義的復興顯得相當不利，即便如此，來自基輔的年輕學者派西．威力克夫斯基（Paissy Velichkovsky, 1722-94）依然促使了復興的發生，隨後也成為羅馬尼亞寧次男子修道院的院長，他所譯《慕善集》的斯拉夫語版本間接造成了19世紀俄國靜修傳統的復興。
